Początek Szkoły Św. Filipa związany jest z Parafią p.w. Matki Bożej Saletyńskiej w Olsztynie. Tam, za zgodą ówczesnego Proboszcza ks. Józefa Mitusia, w maju 1996 r. odbył się pierwsz Kurs Filipa, prowadzony przez Siostry ze Wspólnoty Uczennic Krzyża ze Szczecina. W kursie uczestniczyły osoby zaangażowane w różne posługi w parafii, katecheci, odpowiedzialni za wspólnoty.