Początek Szkoły Św. Filipa związany jest z Parafią p.w. Matki Bożej Saletyńskiej w Olsztynie. Tam, za zgodą ówczesnego Proboszcza ks. Józefa Mitusia, w maju 1996 r. odbył się pierwsz Kurs Filipa, prowadzony przez Siostry ze Wspólnoty Uczennic Krzyża ze Szczecina. W kursie uczestniczyły osoby zaangażowane w różne posługi w parafii, katecheci, odpowiedzialni za wspólnoty.
Nastąpiło ożywienie wiary i nowy zapał do służby Kościołowi oraz pragnienie przekazania tego doświadczenia następnym. Odbywały się kolejne kursy Filipa.
Nawiązaliśmy współpracę ze Szkołą Św. Pawła w Kielcach. Powstała miejscowa ekipa do Kursu Filipa. Przyjęliśmy wizję ewangelizacji i program. Tak powstała Szkoła w wymiarze parafialnym. Odpowiedzialnym za Szkołę był ks. Jan Gierlak.
Zrodziło się także pragnienie wspólnoty, lecz nikt z nas nie wiedział, jak ona ma wyglądać. Spotykaliśmy się na modlitwie Słowem Bożym. Tak było przez blisko rok. Na początku roku 1997, po Kursie Animacji Modlitwy Charyzmatycznej powstała wspólnota. Odpowiedzialnym za wspólnotę został ks. Jacek Ocieczek.
Po następnych kursach powiększała się wspólnota, a także zasięg naszej posługi. Prowadziliśmy kursy w naszej diecezji, a także poza nią. W 1997 roku ks. Jacek został Dyrektorem domu rekolekcyjnego w Dębowcu, gdzie otworzyło się nowe miejsce dla naszej posługi.
Rok 1998 był dla nas szczególnie ważny. Szukając woli Bożej dla nas, prosiliśmy Ks. Prowincjała Józefa Krzyszychę o zatwierdzenie Szkoły jako dzieła przy Zgromadzeniu Misjonarzy Saletynów. W czerwcu 1998 roku Ks. Prowincjał zatwierdził Szkołę na okres próbny. Na potrzeby Szkoły został także przekazany ośrodek w Mrągowie, gdzie Szkoła ma swoją siedzibę do dziś. Jednocześnie Ks. Prowincjał wystosował prośbę do Księdza Arcybiskupa Edmunda Piszcza o przyjęcie tego dzieła w Archidiecezji Warmińskiej. W grudniu 1998 r. Ks. Biskup zatwierdził Szkołę Św. Filipa w Archidiecezji Warmińskiej.
Powstała wspólnota modlitewno-ewangelizacyjna w Parafii p.w. Matki Bożej Saletyńskiej w Rzeszowie, w Pstrągowej, w Trzciance Lubuskiej.
Zostaliśmy zaproszeni do Polskiej Misji Katolickiej w Berlinie. Obecnie istnieje tam wspólnota modlitewno-ewangelizacyjna i Szkoła Św. Bartłomieja.
Kolejnym miejscem ewangelizacji była Słowacja. Powstała wspólnota modlitewno – ewangelizacyjna w Povazskiej Bystricy. Obecnie istnieją tam dwie wspólnoty. Wspólnoty te prowadzą kursy w ośrodku rekolekcyjnym w Chrenovcu, a także podjęły ewangelizację w Czechach.
W ciągu następnych lat, jako owoc głoszenia Słowa Bożego, powstawały nowe wspólnoty w Rzeszowie, w Mrągowie, Warszawie, w Olsztynie – przy parafii M.B. Saletyńskiej, na Pieczewie, w Jarotach, a także w Morągu, w Kazachstanie i w Czechach..
W roku 2002 odbył się w Dębowcu I Kongres SNE Św. Filipa. Celem Kongresu była refleksja nad miejscem Szkoły Nowej Ewangelizacji w misji Zgromadzenia Misjonarzy Saletynów. Do Dębowca zjechali bracia ze wszystkich wspólnot istniejących w Polsce i za granicą. Na zakończenie Kongresu w Akcie Zawierzenia oddaliśmy całe dzieło Szkoły i każdą wspólnotę w ręce Maryi z La Salette.
Rok 2003 zapisał się w historii naszej Szkoły w sposób niezwykle ważny i znaczący. Decyzją Kapituły Polskiej Prowincji Misjonarzy Saletynów Szkoła Nowej Ewangelizacji Św. Filipa została przyjęta jako dzieło prowadzone przez Misjonarzy Saletynów Polskiej Prowincji. Kapituła potwierdziła również zgodność misji Szkoły z Charyzmatem Zgromadzenia.
Także w tym samym roku, w maju Zgromadzenie Księży Misjonarzy Saletynów otrzymało w darowiźnie nieruchomość w Miodówku, miejscowości położonej kilkanaście kilometrów od Olsztyna. Ks. Prowincjał przekazał ją w użytkowanie Szkole.
W roku 2004 został opracowany Program Formacyjny dla wspólnot w naszej Szkole. Jest on owocem ośmiu lat modlitwy wspólnot, doświadczenia prowadzenia wspólnot, zaangażowania w misję ewangelizacji i odkrywania prowadzenia Ducha Świętego, Który „o wszystkim poucza”. Realizacja tego programu daje jasną wizję drogi formacji, ukazuje kolejne etapy i zasady prowadzenia wspólnot.
W listopadzie 2005 roku powstał i został zatwierdzony przez Ks. Prowincjała dokument określający zasady funkcjonowania Szkoły – „Struktura i zasady posługiwania”.
Następne lata to czas owocnej posługi, formacji oraz wsłuchiwania się co „mówi Duch do Kościoła” i odkrywania kierunku, w którym Jezus pragnie nas prowadzić. Owocem tego czasu było odkrycie i przyjecie charyzmatu, którym żyją Misjonarze Saletyni. Zobaczyliśmy, że ten charyzmat – pokuta i pojednanie – pragniemy realizować, podejmując dzieło Nowej Ewangelizacji, która ma prowadzić do pojednania człowieka z Bogiem i drugim człowiekiem. Dlatego chcemy również żyć duchowością saletyńską. Konsekwencją tego, było również przyjęcie nowej nazwy Szkoły – Saletyńska Szkoła Nowej Ewangelizacji (SSNE), której patronami są: MB Saletyńska i św. Filip – Diakon. Taką nazwę zatwierdziła nadzwyczajna Kapituła Prowincjalna w 2016 r.
Po przyjęciu nowej nazwy szkoły zostało zmienione logo szkoły oraz zaktualizowany został program formacyjny dla wszystkich wspólnot, które tworzą środowisko Saletyńskiej Szkoły Nowej Ewangelizacji. Zmiany te zostały przyjęte i zatwierdzone przez Radę Szkoły w 2017 roku w Mrągowie.